Был проведен анализ сезонных закономерностей вертикального распределения зоопланктона в различных по глубине и трофическим условиям районах Кондопожского залива Онежского озера. Для получения траекторий среднемноголетней динамики ряды данных сетных ловов зоопланктона за 1988-2021 гг. были свернуты по показателю сезонности (сутки с начала года) и сглажены методом скользящих средних. Была проанализирована сезонная динамика относительных (м3) и абсолютных (м2) величин обилия зоопланктона в эпи-, мета- и гиполимнионе, а так же доли организмов зоопланктона по слоям в столбе воды. Основные особенности сезонной динамики распределения зоопланктона по глубине зависели от гидротермического режима Онежского озера и его стратификации. Основными факторами влияния на сезонную изменчивость являлись: температурный режим и сроки основных гидрологических событий. Общие сезонные закономерности вертикального распределения зоопланктона Кондопожского залива за вегетационный период состояли и 3-х фаз, выраженных в различной степени. Ранневесенний период отличался преобладанием численности и биомассы зоопланктона в глубоких слоях ниже 10 м. Летний период характеризовался максимальной концентрацией обилия организмов зоопланктона в эпилимнионе, т.е. верхнем слое воды до 5 м. В сентябре-октябре наблюдалось перераспределение организмов по слоям с миграцией их в глубину. Особенностью центрального района Кондопожского залива является более интенсивное накопление биомассы рачкового планктона в глубоких слоях, по сравнению с олиготрофными районами озера. В то же время, динамика обилия зоопланктона в эпилимнионе имеет сезонную сходный характер. Из-за мелководности вершинной части залива гиполимнион не отмечается. Различия в обилии зоопланктона по слоям существуют только в первой половине лета до начала августа, после чего концентрация организмов по слоям выравнивается до осени и появления обратной стратификации.