Статья посвящена актуальной проблеме развития аквакультуры и оценке перспективности использования малых озер, учитывая их многочисленность и разнообразие, наряду с наличием экологических рисков. Анализируется ландшафтная обусловленность лимногенеза и лимитирующие факторы рыборазведения на примере малого озера Лесного (Вологодская область) как модельного водоема, типичного для широко распространенных среднетаежных ландшафтов. Учитывается, что генезис территории в краевых зонах покровного оледенения Северо-Запада определяет происхождение, особенности морфологии, развитие и современное состояние озер как структурных элементов ландшафта. Комплексное исследование модельного водоема позволило выделить ключевые показатели, отражающие нежелательные процессы для выращивания рыб, учитывая влияние природных и антропогенных факторов. Показано, что мелководность озер, расположенных в низменной заболоченной местности, стимулирует их сукцессию в сторону гумификации, дистрофикации, закисления грунтов, цветения, ухудшения газового режима, низкого уровня развития кормовой базы и формирования окунево-плотвичных ихтиоценозов. Результаты исследования модельного водоема возможно аппроксимировать на другие водоемы ландшафта в рамках адекватного выбора и планирования использования водного фонда в целях аквакультуры. Целью работы было выявить лимитирующие факторы использования для аквакультуры малых водоемов на примере модельного озера Лесного как типичного для широко распространенных среднетаежных ландшафтов и обосновать методологический алгоритм исследований в рамках ландшафтно -экосистемного подхода.